Los subprogramas de investigación se derivan del Programa de Investigación del IEMP, y se constituyen en un campo de estudio más restringido con capacidad para problematizar la realidad en dicho campo. Ahora bien, el subprograma de investigación es un enfoque transversal suficientemente amplio que engloba procesos, prácticas, experimentos, análisis y comprensiones de la realidad de un contexto, en un campo determinado que se constituye en el hilo conductor de la respectiva línea, con el fin de aportar para el desarrollo de la sociedad.
Como se dijo más arriba, los subprogramas están conformados por líneas, que dan origen a los proyectos que adelanta el Instituto, teniendo en cuenta los lineamientos del subprograma de investigación, que es autónomo en su desarrollo, está en consonancia con la misión del IEMP y responde en sus sentidos y horizontes a las necesidades de la sociedad, las colectividades y las personas dentro del marco del Estado social derecho y las garantías constitucionales. Los subprogramas tienen la función de reordenar y articular las líneas y los proyectos buscando la pertinencia social y académica en los entornos.